Неканоническая религиозная организация, известная под названиями "Православная Церковь России" ("Истинно-Православная Церковь") была основана в 1999 г. "митрополитом Московским" Рафаилом (Прокопьевым), в этом же году низложенным с должности Первоиерарха "Российской Истинно-Православной Церкви" (РосИПЦ) и исключенным из ее состава. Вслед за "митрополитом" Рафаилом юрисдикцию РосИПЦ покинул "епископ Санкт-Петербургский" Сергий (Моисеенко). Решением Синода РосИПЦ оба они были сперва запрещены в служении (13 марта 1999 г.), а потом и лишены "архиерейского" сана (27 ноября 1999 г.). Не признав правомочности этих решений, "митрополит" Рафаил и "епископ" Сергий сформировали новую религиозную организацию, первоначально называвшуюся "Истинно-Православной Церковью в России" ("ИПЦ в России").